cp -r копирует файлы, которые не существуют

Я пытаюсь скопировать содержимое одного каталога в другой, используя:

cp -r ~/dev/testing/app/ ~/dev/app/

Это работает, но копирует файлы, которые не существуют (по крайней мере, визуально).

Например index.php не в /dev/testing/app/, но, когда я делаю cp -r ~/dev/testing/app/ ~/dev/app/ затем index.php появляется в /dev/app/ каталог.

Я мог иметь index.php в /dev/testing/app/ однажды, но я с тех пор удалил это. Почему он все еще копирует в /dev/app/ каталог?