Как мне обновить пакет на Gentoo Linux

Это то, что вам нужно прочитать, введение в portage, менеджер пакетов в Gentoo.

Чтобы обновить все (включая зависимости и изменения для использования флагов), затем

emerge -avDuN world

Чтобы обновить один пакет (снова обращая внимание на зависимости и т. Д.):

emerge -avDuN <package-name>

Базовое обновление без проверки обновлений зависимостей будет

emerge -avu <package-name>

-a означает "спросить", что для подтверждения, а -v означает "многословный", чтобы дать больше информации о том, что он делает.