Как организованы файлы и приложения Linux?

В Википедии есть отличная статья об этом. Цитата из самой полезной части этой статьи:

В FHS все файлы и каталоги отображаются в корневом каталоге "/", даже если они хранятся на разных физических устройствах. Однако обратите внимание, что некоторые из этих каталогов могут присутствовать или не присутствовать в системе Unix в зависимости от того, установлены ли определенные подсистемы, такие как система X Window.

Большинство этих каталогов существуют во всех операционных системах UNIX и обычно используются практически одинаково; однако описания, приведенные здесь, используются специально для FHS и не считаются авторитетными для платформ, отличных от Linux.

• / Корень первичной иерархии и корневой каталог всей иерархии файловой системы.
• /bin/ Основные двоичные файлы команд, которые должны быть доступны в однопользовательском режиме; для всех пользователей, например, cat, ls, cp.
• /boot/ Файлы загрузчика, например, ядра, initrd; часто отдельный раздел [8]
• /dev/ Основные устройства, например, /dev/null.
• /etc/ Специфичные для хоста общесистемные конфигурационные файлы (название взято из et cetera[9]).
• /etc/opt/ Файлы конфигурации для /opt/.
• /etc/X11/ Файлы конфигурации для системы X Window, версия 11.
• /etc/sgml/ Конфигурационные файлы для SGML.
• /etc/xml/ Конфигурационные файлы для XML.
• /home/ Домашние каталоги пользователей, содержащие сохраненные файлы, личные настройки и т. Д.; часто отдельный раздел.
• /lib/ Библиотеки, необходимые для двоичных файлов в /bin/ и /sbin/.
• /media/ Точки монтирования для съемных носителей, таких как CD-ROM (появились в FHS-2.3).
• /mnt/ Временно смонтированные файловые системы.
• /opt/ Дополнительные пакеты прикладного программного обеспечения [10].
• /proc/ Виртуальная файловая система, документирующая состояние ядра и процесса в виде текстовых файлов, например, время работы, сеть. В Linux соответствует монтированию Procfs.
• /root/ Домашний каталог для пользователя root.
• /sbin/ Основные системные двоичные файлы, например, init, ip, mount.
• /srv/ Специфичные для сайта данные, которые обслуживаются системой.
• /tmp/ Временные файлы (см. Также /var/tmp). Часто не сохраняется между перезагрузками системы.
• /usr/ Вторичная иерархия для пользовательских данных только для чтения; содержит большинство (многопользовательских) пользовательских утилит и приложений.[11]
• /usr/bin/ Необязательные двоичные файлы команд (не требуются в однопользовательском режиме); для всех пользователей.
• /usr/include/ Стандартные включаемые файлы.
• /usr/lib/ Библиотеки для двоичных файлов в /usr/bin/ и /usr/sbin/.
• /usr/sbin/ Несущественные системные двоичные файлы, например, демоны для различных сетевых сервисов.
• /usr/share/ Архитектурно-независимые (общие) данные.
• /usr/src/ Исходный код, например, исходный код ядра с его заголовочными файлами.
• /usr/X11R6/ Система X Window, версия 11, выпуск 6.
• /usr/local/ Третичная иерархия для локальных данных, характерных для этого хоста. Обычно имеет дополнительные подкаталоги, например, bin/, lib/, share/.[12]
• /var/ Переменные файлы - файлы, содержимое которых, как ожидается, будет постоянно изменяться во время нормальной работы системы, такие как журналы, файлы спулинга и временные файлы электронной почты. Иногда отдельный раздел.
• /var/lib/ Государственная информация. Постоянные данные, изменяемые программами при их запуске, например, базы данных, метаданные системы упаковки и т. Д.
• /var/lock/ Блокировка файлов Файлы, отслеживающие используемые в настоящее время ресурсы.
• /var/log/ Лог-файлы. Различные журналы.
• /var/mail/ Почтовые ящики пользователей.
• /var/run/ Информация о работающей системе с момента последней загрузки, например, вошедшие в систему пользователи и работающие демоны.
• /var/spool/ Буфер для задач, ожидающих обработки, например, очереди печати и непрочитанной почты.
• /var/spool/mail/ Устаревшее местоположение для почтовых ящиков пользователей. /var/tmp/ Временные файлы должны быть сохранены между перезагрузками.
• /var/www/ Файловые иерархии веб-сайтов (расположение по умолчанию для веб-сайтов, обслуживаемых Apache).

Под Linux каталоги в корневой папке / размещены в соответствии со стандартом иерархии файловой системы. Обычно для установки и удаления программного обеспечения используется менеджер пакетов, предоставляемый дистрибутивом. Есть также несколько мест, где хранятся файлы конфигурации (особенно в /etc/) и иногда они должны быть отредактированы пользователем. В противном случае должно быть мало необходимости возиться за пределами вашего домашнего каталога.

Когда вы устанавливаете программное обеспечение вручную, вы обычно не хотите устанавливать в системные каталоги, такие как /usr/bin/, /bin/ или же /sbin/ или же /usr/sbin/, Вместо установленного вручную программного обеспечения следует использовать /usr/local/ вместо этого, чтобы избежать конфликтов с программным обеспечением, установленным с помощью менеджера пакетов и которое эффективно имеет такую ​​же структуру, как / (т.е. для использования при ручной установке /usr/local в качестве префикса)

Когда вы устанавливаете программное обеспечение вне обычной структуры, оболочка может не найти исполняемые файлы, и двоичные файлы могут не найти библиотеки, с которыми она связана. Двоичные файлы ищутся во всех каталогах, перечисленных в переменной оболочки $PATH что вы можете настроить. То же самое относится и к $LD_LIBRARY_PATH который содержит список каталогов для поиска библиотек при разрешении зависимостей ссылок (см. man ld).

(Примечание: выше содержит много "обычно" и "обычного". Это потому, что никто не заставляет вас следовать каким-то (разумным) стандартам - вы свободны стрелять себе в ногу.)