Как настроить проект с более чем одним хранилищем

У меня есть проект, который в настоящее время частично находится в системе контроля версий. Он настроен так, что когда я помещаю проект в git, он автоматически развертывается, моя текущая структура папок выглядит следующим образом:

Код из AsoRock.Core скомпилирован в DLL и скопирован в папку AsoRock.Web - и это файлы AsoRock.Web, которые фактически передаются в систему контроля версий.

Теперь я хочу поместить все остальные файлы и папки в отдельный репозиторий git. Поэтому я хочу, чтобы в этом новом хранилище были сохранены все папки AsoRock.Core, папка Merchello-2.7.0 и папка пакетов.

Кто-нибудь может дать мне шаг за шагом, как я могу это сделать? Я использую дерево исходных текстов в качестве git-клиента, но если мне нужно использовать командную строку для первоначальной настройки, я тоже попробую это сделать.

Идеи пожалуйста?