update-rc.d выдает ошибку

update-rc.d: using dependency based boot sequencing это не ошибка Он говорит вам, что использует новую загрузку на основе зависимостей вместо старой загрузки на основе последовательностей.

Если /etc/rc3.d/SXXnginx существует, то это сработало. Кроме того, какую версию Debian вы используете? -f Флаг должен использоваться только при удалении элемента автозагрузки, а не для его добавления. Или вы пытаетесь удалить это? Ваш вопрос может быть немного более ясным.