В сообщении аскубунту содержится ответ, который я кратко изложу ниже.

Проблема в том, что xbindkeys захватывает всю мышь, что делает неопределенными модификаторы + отображение щелчков мыши. Ответ использует uinput через скрипт python-uinput для мониторинга /dev/my-mouse для большого пальца нажмите кнопку и отправьте клавишу Ctrl на виртуальную клавиатуру. Вот подробные шаги:

1. Сделать правила Udev

Для мышки, файл /etc/udev/rules.d/93-mxmouse.conf.rules:

KERNEL=="event[0-9]*", SUBSYSTEM=="input", SUBSYSTEMS=="input", 
ATTRS{name}=="Logitech Performance MX", SYMLINK+="my_mx_mouse", 
GROUP="mxgrabber", MODE="640"

Udev будет искать устройства ядра с такими именами, как event5. СИМЛИНК для поиска мыши в /dev/my_mx_mouse, читаемый группой mxgrabber,

Чтобы найти информацию об оборудовании, запустите что-то вроде:

udevadm info -a -n /dev/input/eventX

Для uinput, файл /etc/udev/rules.d/94-mxkey.rules:

KERNEL=="uinput", GROUP="mxgrabber", MODE="660"

Отключите и подключите мышь или заставьте udev вызывать правила с помощью udevadm trigger,

2. Активируйте модуль UINPUT

sudo modprobe uinput

И в /etc/modules-load.d/uinput.conf:

uinput

3. Создать новую группу

sudo groupadd mxgrabber
sudo usermod -aG mxgrabber your_login

4. Python скрипт

устанавливать python-uinput library а также python-evdev library,

Приведенный ниже скрипт требует идентификации event.code кнопки:

#!/usr/bin/python3.5
# -*- coding: utf-8 -*-

"""
Sort of mini driver.
Read a specific InputDevice (my_mx_mouse),
monitoring for special thumb button
Use uinput (virtual driver) to create a mini keyboard
Send ctrl keystroke on that keyboard
"""

from evdev import InputDevice, categorize, ecodes
import uinput

# Initialize keyboard, choosing used keys
ctrl_keyboard = uinput.Device([
    uinput.KEY_KEYBOARD,
    uinput.KEY_LEFTCTRL,
    uinput.KEY_F4,
    ])

# Sort of initialization click (not sure if mandatory)
# ( "I'm-a-keyboard key" )
ctrl_keyboard.emit_click(uinput.KEY_KEYBOARD)

# Useful to list input devices
#for i in range(0,15):
#    dev = InputDevice('/dev/input/event{}'.format(i))
#    print(dev)

# Declare device patch.
# I made a udev rule to assure it's always the same name
dev = InputDevice('/dev/my_mx_mouse')
#print(dev)
ctrlkey_on = False

# Infinite monitoring loop
for event in dev.read_loop():
    # My thumb button code (use "print(event)" to find)
    if event.code == 280 :
        # Button status, 1 is down, 0 is up
        if event.value == 1:
            ctrl_keyboard.emit(uinput.KEY_LEFTCTRL, 1)
            ctrlkey_on = True
        elif event.value == 0:
            ctrl_keyboard.emit(uinput.KEY_LEFTCTRL, 0)
            ctrlkey_on = False

5. Отделка

Сделайте исполняемый файл python и убедитесь, что он загружается при запуске.

Я понял это ранее сегодня с другими ключами-модификаторами. Проблема в том, что вы должны включить модификатор в комбинацию кнопок для выпуска. Предполагая, что ваш Супер ключ сопоставлен с Mod4 (который должен быть по умолчанию, afaik):

"xte 'keydown Super_L'"
  b:11

"xte 'keyup Super_L'"
  Mod4 + b:11 + release

РЕДАКТИРОВАТЬ: только что понял, что это не полностью отвечает на ваш вопрос, так как вы все еще не сможете использовать ЛКМ, удерживая нажатой b:11

Предложение отладки: я бы попробовал следить /dev/input/eventX файл, чтобы увидеть, какие события генерируются при нажатии и отпускании этой кнопки, особенно в комбинации с BTN_LEFT, Вот пример кода, с которого можно начать. Вам, очевидно, придется изменить его, чтобы регистрировать все события, а не только нажатия клавиш.

Вы также можете проверить xev вывод, если вы еще этого не сделали. Анализ обоих журналов должен выявить точную проблему, с которой вы столкнулись.

Скорее всего, ваша мышь генерирует дополнительные события отпускания кнопок при нажатии нескольких кнопок. В этом случае ваши варианты будут использовать обходные пути привязки ключа или изменить xf86-input-evdev библиотека для фильтрации нежелательных событий (или имитации пропущенных). Некоторое время назад я делал нечто подобное для сенсорного экрана, который генерировал события "щелчка" при попытке перетаскивания. Идея состояла в том, чтобы отфильтровать события "выпуска", которые происходили почти одновременно (в пределах небольшого временного окна), с событиями "щелчка". Если мое предположение верно, вам, по сути, нужно реализовать нечто подобное.

Поскольку вы можете запустить скрипт одним щелчком мыши, вы можете использовать следующий трюк.
1. Нажмите кнопку 11, чтобы удерживать супер-клавишу. (Кнопка 11 запускает скрипт)
2. Перемещайте окна, используя другие кнопки мыши
3. Снова нажмите кнопку мыши 11, чтобы разблокировать супер-ключ.

скрипт
использование xdotool держать супер ключ
При первом нажатии кнопки создайте временный файл и удерживайте клавишу. При следующем нажатии удалите файл tmp и отпустите ключ,

Обновить

В соответствии со страницей помощи Ubuntu (многие кнопки мыши, как) imwheel можно переназначить на ключ.